Después de estar un buen rato (una semanilla) mirando una posible solución a mi problema y pensando qué podría ser, he dado con la solución.
El problema:
Un proyecto de Android me daba error al acceder a la clase R autogenerada por el SDK desde la clase Main.
Pensaba que era por alguna cosa mal escrita en los recursos (ya sabes, no hay que escribir los nombres de archivo con letras mayúsculas) o por haber hecho un clean del proyecto o por tener activada la opción de autobuild. Lo intenté con "Android tools > Fix project properties", renombrando el paquete de la aplicación y nada.
Ya dudaba de todo.
Solución:
Desesperado ya he optado por empezar de nuevo un proyecto vacío.
Copiando el código del viejo proyecto he dado con el problema. Estaba importando android.R porque en algún momento lo habré necesitado o porque habré hecho un copy/paste mal, el caso es que si ya has probado de todo y estás apunto de tirarte por la ventana, prueba a borrar todos los "import" que tengas y autogenéralos pulsando las teclas:
Ctrl + Shift + O
Puede salvarte la vida, a mi me la salvó ;)